Viafarini nasce nel 1991 come associazione culturale su modello delle organizzazioni non profit americane e dei Kunstverein europei, quando tale concetto era nuovo per l’Italia. Fra le idee più innovative, lo spazio espositivo come project room, lo sviluppo di rapporti con l’estero e una gestione dell’attività basata sulla collaborazione tra enti pubblici e privati.

I primi due eventi realizzati, Immagini proiettate e Membership Viafarini, coincidono rispettivamente con la fondazione dell’Archivio e con l’adozione di un programma di membership come forma di sostegno dell’associazione.
Sono tantissimi gli artisti che aderiscono fin da subito al progetto di Viafarini: Piero Almeoni, Mario Airò, Stefano Arienti, Vanessa Beecroft, Francesco Bernardi, Ivo Bonacorsi, Alberto Callari, Pasquale Campanella, Pietro Capogrosso, Manlio Caropreso, Gabriella Casiraghi, Maurizio Cattelan, Loris  Cecchini, Marco Cingolani, Manuela Cirino, Gianluca Codeghini, Daniela De Lorenzo, Paola Di Bello, Gabriele Di Matteo, Maurizio Donzelli, Stefano Dugnani, Chiara Dynys, Fac-Simile, Salvatore Falci, Emilio Fantin, Carlo Ferraris, Andrea Fogli, Antonia Fontana, Stefano Fontana, Federico Fusi, Marcello Gianoli, Bernardo Giorgi, Hossein Golba, Nazzareno Guglielmi, Komagata Katsuya, Massimo Kaufmann, Dimitris Kozaris, Filippo La Vaccara, Mauro Maffezzoni, Mala Arti Visive, Marcello Maloberti, Margherita Manzelli, Roberto Marossi, Laura Matei, Miltos Manetas, Eva Marisaldi, Maurizio Mercuri, Pino Modica, Liliana Moro, Antonella Ortelli, Marco Paternostro, Alessandro Pessoli, Cesare Pietroiusti, Leonardo Pivi, Luca Quartana, Mariagrazia Rosin, Cristina Ruffoni, Bernhard Rüdiger, Laura Ruggeri, Sabrina Sabato, Sante Scardillo, Franco Silvestro, Gregorio Spini, Federica Thiene, Alessandra Tortarolo, Adriano Trovato, Maurizio Turchet, Massimo Uberti, Enzo Umbaca, Vedovamazzei, Carla Vendrami, Wurmkos, Alberto Zanazzo, Italo Zuffi.
Saranno proprio il sostegno di volontari e di numerosi artisti e critici d'arte – tra cui Roberto Daolio, Alessandra Galasso, Alessandra Galletta, Alberto Garutti, Francesca Pasini, Marco Senaldi e Angela Vettese che a suo tempo aderirono all'iniziativa – a rendere possibili i primi anni di attività.

Nel 1994 inizia la collaborazione con Careof, unico altro spazio non-profit nell'area milanese, con sede a Cusano Milanino.
L’anno seguente il Comune di Milano Settore Giovani mette in atto una convenzione con l’associazione, perché fornisca una serie di servizi di promozione e documentazione sulle arti visive contemporanee. Dal 1995 al 2005 sono state rinnovate sette convenzioni. Nasce così il Centro di Documentazione Arti Visive Careof & Viafarini, che comprende un archivio artisti con servizio di visione portfolio, una biblioteca/videoteca specializzata, una banca dati opportunità denominata ArtBox, servizi accessibili anche in Internet.
L’attività di Careof & Viafarini ottiene finanziamenti anche da Regione Lombardia e Provincia di Milano e diventa il Centro di Documentazione Arti Visive più avanzato in Italia per quanto riguarda l’informatizzazione e la diffusione via Internet di informazioni sull’arte contemporanea.

Nel 1997 si avvia Viafarini Fund, progetto volto a sensibilizzare sulla necessità di azioni di fundraising a sostegno di progetti artistici. Il comitato promotore è composto da Angela Vettese, Pierluigi Sacco e Patrizia Brusarosco.

Nel 2001 nasce Italian Area, database online di artisti italiani emergenti, legato all’idea di un Museo senza Centro, ovvero un network fra organizzazioni artistiche italiane impegnate nella promozione dell’arte giovane. Il progetto è vincitore del Premio Cenacolo-Editoria e Innovazione indetto da Assolombarda, Il Sole-24 Ore, Mediaset, Mondadori e Rcs Editori.
Grazie agli accordi con fondazioni e associazioni di altre città, dal 2003 affluiscono in maniera sistematica al Centro di Documentazione Careof & Viafarini i portfolio di artisti da tutta Italia, rendendo l’Archivio di Milano sempre più un punto di riferimento nazionale.
Dal 2004 l'Archivio Artisti e Italian Area ricevono il sostegno delle Camere di Commercio di Milano e Torino, grazie al quale il progetto si sviluppa notevolmente sia per il volume delle informazioni, sia per la loro accessibilità al pubblico internazionale.

Dopo oltre quindici anni di attività, Viafarini, assieme a Careof, è riconosciuta come il più importante spazio indipendente per l’arte contemporanea in Italia, come risulta dalla ricerca Non di sola arte, commissionata dalla Fondazione Giovanni Agnelli e Unicredit nel 2007 e riceve l’American Center Foundation Grant.
Nel 2007 inizia anche la prima collaborazione con uno sponsor istituzionale privato, la Gemmo spa, società leader nei settori dell’impiantistica tecnologica e del Facility Management.

Con la stagione 2007/2008 si apre un nuovo importante capitolo nella storia dell’associazione: Viafarini insieme a Careof è tra i vincitori del concorso internazionale indetto nel 2000 dal Comune di Milano Settore Giovani per l’assegnazione di spazi presso la Fabbrica del Vapore; nell'aprile 2008 le due associazioni vi aprono una nuova sede e inaugurano il DOCVA Documentation Center for Visual Arts.

Presso la storica sede in via Farini 35 ha inizio VIR Viafarini-in-residence, un nuovo programma che permette ad artisti o curatori di trascorrere un periodo di ricerca a Milano presso uno dei quattro appartamenti messi a disposizione dall’associazione e/o usufruendo di uno dei due studi per artisti ospitati all’interno dello spazio espositivo.